Het meer is ongeveer 560 km lang en 75 km breed op zijn breedste punt, en beslaat een gebied van ongeveer 29.600 km². Het meer wordt omgeven door de staten Mozambique,Malawi en Tanzania. Ongeveer drie kwart van het meer ligt in Malawi; de rest ligt in Mozambique. Het meer vormde zich waarschijnlijk ongeveer 40.000 jaar geleden.

Het Malawimeer is bekend om zijn vele endemische cichliden. Er komt welgeteld maar één non-endemische cichlide voort in het meer: de Tilapia rendalli.

Hoofdzakelijk zijn deze cichliden onder te verdelen in 3 categorieën:

• Utaka's: voornamelijk grote rovers (17-45 cm). de naam komt van de inheemse bevolking die deze vissen Utaka noemt. Deze groep wordt ook wel eens haplochromis genoemd, of in het Engels 'haps'. Dit is echter een foute benaming, aangezien alle Utaka's later verplaatst zijn naar andere geslachten, en alle Haplochromis-soorten (die wel bestaan) alleen voorkomen in het Victoriameer.
• Mbuna's: kleinblijvende, veelal dominante, kleurrijke soorten (7-17 cm).
• Keizerchiclides(Aulonocara's): vredige, zandbewonende cichliden (10-20 cm); in het verleden ook wel keizerbaarzen genoemd.

David Livingstone was de eerste Europeaan die het meer bezocht, te weten in 1859. Veel van het gebied dat door het meer omringd wordt, werd later geclaimd door het Britse Rijk en vormde de Britse kolonie Nyasaland. Hoewel Portugal de oostelijke kust van het meer koloniseerde, werden de eilanden Likoma en Chizumulu gekoloniseerd door Schotse missionarissen uit Nyasaland, en werden dientengevolge opgenomen als deel van Nyasaland.